Comentario sobre las recientes sentencias del Tribunal Supremo sobre el carácter vinculante del informe del Ministerio de Ciencia e Innovación en la aplicación de la deducción por innovación tecnológica

Análisis de las SSTS de 8 de octubre, rec. núm. 948/2023, y de 9 de octubre de 2024, recs. núms. 1633/2023 y 1635/2023

Resumen

El objeto de este comentario es analizar tres recientes sentencias del TS, que resuelve en casación, en las que se concluye el carácter vinculante del informe motivado del Ministerio de Ciencia e Innovación, que no se limita a la calificación de la actividad, sino también a la base de la deducción por los gastos e inversiones conexos a dichas actividades (en el caso concreto abordado, relacionados con software). Adicionalmente, señala que no puede calificarse como prueba pericial el informe emitido por un órgano interno de la AEAT, dependiente jerárquicamente de dicha organización, que no puede enervar el carácter vinculante del informe emitido por otro órgano, competente por razón de la materia y especializado, quedando comprometido el principio de personalidad jurídica única de la Administración. Esto no solo afecta a los periodos impositivos regulados por el TRLIS de 2004, sino también a la vigente LIS ante la incertidumbre respetada por alguna afirmación de la sentencia, abordándose los aspectos prácticos y de futuro bajo la perspectiva de que la AEAT mantuviera que el criterio del TS no afecta a los periodos iniciados bajo la vigencia de la LIS (desde 2015). La reciente resolución del TEAC de 21 de octubre de 2024 asume que solo afecta el informe vinculante a la calificación de las actividades desde la vigencia de la LIS, y no a la base de la deducción, sin perjuicio de que en la concreta regularización que afecta a los periodos impositivos 2015 y 2016 entiende que el motivo principal de aquella es por la absoluta discordancia entre los proyectos presentados para su certificación y valorados por el Ministerio y por la entidad certificadora, y los proyectos que fueron efectivamente realizados por el obligado tributario.